Su talla es pequeña, su tiempo generacional es corto, son dóciles, su mantenimiento en cautiverio es fácil y económico, tiene un gran rendimiento reproductivo, podemos producir líneas de individuos genéticamente idénticos, entre otras ventajas que convierten al ratón en el modelo ideal en la investigación. Al publicarse el primer mapa detallado del genoma del ratón se halló que al menos el 80% del ADN de los ratones es idéntico al de los humanos. El 97% de los animales genéticamente modificados utilizados en investigación son ratones. El ratón es la única especie hasta el momento en la que se ha logrado desarrollar técnicas de mutagénesis dirigida, las cuales producen alteraciones heredables en el genoma. Hoy en día existen miles de cepas de ratones, algunas de las cuales se encuentran criopreservadas.